A administração superior da Faculdade de Medicina é de responsabilidade do Conselho da Faculdade, dos Colegiados de Graduação, de Extensão, de Pós-Graduação e de Pesquisa e Inovação, como órgãos normativos, deliberativos e consultivos; do Conselho Ampliado da Faculdade de Medicina, como órgão deliberativo e consultivo; e da Direção, como órgão executivo.

O Conselho da Faculdade de Medicina tem como atribuições, além daquelas previstas no Regimento Geral da UnB:

1. formular as políticas de atuação da FM;
2. aprovar a alocação interna de recursos orçamentários;
3. regulamentar as atividades realizadas na FM;
4. deliberar sobre a realização de convênios, contratos, acordos, propostas de prestações de serviços e projetos de interesse da FM;
5. coordenar o trabalho do pessoal docente visando à integração e efetividade do ensino, da pesquisa, da extensão e da inovação em saúde;
6. deliberar sobre a alocação de vagas de docentes entre as Áreas da FM;
7. apreciar projetos de pesquisa e planos dos cursos de aperfeiçoamento e de extensão em seu âmbito de atuação;
8. avaliar relatório anual de prestação de contas da gestão orçamentária da FM;
9. apreciar propostas de regulamentos dos cursos de graduação e de pós-graduação da FM, elaboradas pelos respectivos Colegiados da FM, para fins de homologação;
10. definir critérios para utilização de equipamentos e instalações sob a guarda da FM, quando pertinente;
11. regulamentar, no âmbito da FM, as normas exaradas por instâncias superiores da UnB;
12. homologar a nomeação e exoneração dos Coordenadores de Graduação, de Extensão, de Pós-Graduação e de Pesquisa e Inovação, assim como de coordenadores de Área e de laboratórios da FM;
13. apreciar propostas das Áreas da FM relativas à destituição de seus respectivos Coordenadores;
14. propor a indicação de nomes para ocupar o cargo de Gerente da Área de Ensino e Pesquisa do Hospital Universitário de Brasília (HUB), para apreciação da Superintendência do HUB;
15. deliberar sobre a alocação do espaço físico administrado pela FM, quando pertinente;
16. criar e extinguir comissões, comitês e grupos de trabalho auxiliares, no âmbito da FM;
17. apreciar indicação da Direção da FM para Coordenador(a) e Subcoordenador(a) dos Núcleos vinculados à FM;
18. apreciar a indicação da Direção da FM para Coordenador(a) e Subcoordenador(a) do(s) Museu(s) vinculado(s) à FM, ouvidas as respectivas Áreas da FM;
19. propor o afastamento ou destituição do(a) Diretor(a) da FM, na forma da lei e do Regimento Geral da Universidade de Brasília;
20. apreciar alterações no Regimento Interno da FM;
21. apreciar o Plano de Desenvolvimento da Unidade (PDU);
22. apreciar e deliberar sobre o programa anual de trabalho e as diretrizes orçamentárias elaborados pela Direção da FM;
23. apreciar e deliberar sobre o relatório anual de atividades apresentado pela Direção da FM;
24. propor a atribuição de honrarias universitárias;
25. apreciar e deliberar sobre propostas de alterações no projeto pedagógico do curso, no âmbito da FM;
26. apreciar e deliberar sobre a escolha de representantes da FM junto aos Conselhos Superiores da UnB;
27. apreciar recurso de decisão do Diretor da FM;
28. apreciar, em grau de recurso, as decisões dos Colegiados de Graduação, de Extensão, de Pós-Graduação e de Pesquisa e Inovação;
29. homologar a constituição de Comissão Eleitoral, no semestre anterior ao término do mandato da Direção, na forma da lei vigente;
30. opinar ou deliberar sobre outros assuntos de sua alçada.

Compõem o Conselho da Faculdade de Medicina:

1. o(a) Diretor(a), como Presidente;
2. o(a) Vice-Diretor(a), como Vice-Presidente;
3. o(a) Coordenador(a) de Graduação;
4. o(a) Coordenador(a) de Extensão;
5. o(a) Coordenador(a) de Pós-Graduação;
6. o(a) Coordenador(a) de Pesquisa e Inovação;
7. o(a) Coordenador(a) da Unidade de Laboratórios de Ensino de Graduação da FM;
8. o(a) Coordenador(a) de cada uma das Áreas da FM;
9. um(a) representante dos Núcleos vinculados à FM, escolhido(a) entre os(as) respectivos(as) coordenadores(as);
10. dois(duas) representantes dos(as) discentes regularmente matriculados(as) no curso de graduação em Medicina, eleitos(as) por seus(suas) pares;
11. um(a) representante dos(as) discentes regularmente matriculados(as) nos cursos de pós-graduação ministrados pela FM, eleito(a) por seus(suas) pares;
12. dois(duas) representantes dos(as) servidores(as) técnico-administrativos(as) lotados(as) na FM, eleitos(as) por seus pares;
13. o(a) Superintendente do Hospital Universitário de Brasília (HUB) ou representante por ele(a) designado(a).

Parágrafo único. Nas suas faltas ou impedimentos, os(as) representantes referidos nas alíneas de III a X serão substituídos(as) pelos(as) respectivos(as) suplentes, eleitos(as) na forma definida para os(as) titulares.